時は10191年。宇宙は皇帝シャダム4世によって支配されていた。この時代に最も貴重な資源は、メランジと呼ばれるスパイス。このスパイスを採取できるのは、砂に覆われ巨大な虫が支配する“デューン”と呼ばれる砂漠の惑星アラキスのみ。この星を舞台に、覇権をめぐって繰り広げられる勢力争いを描く。
銀河の大勢力のひとつに君臨する大王皇帝シャッダム4世は、自分の地位を脅かしそうな“救世主”の出現を恐れていた。やがて砂の惑星アラキスに住む皇帝のいとこアトレイデス公爵の息子ポールこそが救世主と判明し、皇帝は公爵の敵であるハルコネン男爵と手を組んでアトレイデス侯爵の失脚を図る。結果、公爵は死亡し、ポールと母親ジェシカは砂漠に逃れ、アラキスの原住民であるフレーメンの集団に合流し、一大軍団を組織する。巨大なサンドワーム(砂虫)を操り、ポールはハルコネン男爵の軍を次々と壊滅してゆく。やがてフレーメンに伝わる“命の水"を飲んで超人化したポールは、皇帝に最後の闘いを挑む。
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